Aprimoramento em Medicina Veterinária da Universidade Santo Amaro existe desde 2001 com o objetivo de aperfeiçoar médicos veterinários recém-formados em diversas áreas, sendo elas: clínica médica de pequenos animais, clínica cirúrgica de pequenos animais, anestesiologia veterinária, diagnóstico por imagem, patologia clínica, patologia animal, clínica médica e cirúrgica de grandes animais e clínica médica e cirúrgica de animais silvestres.
O programa é composto por treinamento prático em serviço realizado no Hospital Veterinário da Universidade Santo Amaro (HOVET-Unisa) e aprendizado teórico pelo curso de especialização em clínica médica e cirúrgica de pequenos animais, além de reuniões clínicas e setoriais mensais realizados no campus Interlagos da Unisa. Dessa forma ao finalizar o programa de aprimoramento, o aluno receberá os certificados contemplando a parte prática e teórica do programa.